审核施工图预算的收费方式主要依据工程规模、复杂程度以及特定要求等因素来确定。以下是几种常见的收费方式：

按工程投资额的百分比收费

工程投资额在3亿元以上的项目，其设计费额最高不得大于概算比例的1.5%。

预算审核费、结算审核费等通常以工程投资额为计算基数，乘以一定的费率系数，再乘以优惠率。

按建筑面积计费

房屋建筑工程施工图审查费按建筑面积计费，费率根据建筑等级和工程复杂程度有所不同。

市政基础设施工程施工图审查费也按建筑面积计费，费率根据工程规模及复杂程度选择合适的审查费率。

按直接生产人员工日计算

工程技术咨询服务、规划调查、询价、报价、对外谈判等技术服务工作，可以按直接生产人员工日计算收费，工日收费标准为每工日85元。

综合收费

工程预算审计收费通常采用基本收费+追加收费两部分组成，基本收费一般定为建设单位送审总预算的0.1--0.3%左右，追加收费一般定为中价机构审减金额的4--9%左右。

特定情况下的收费

对于含有抗震设计或建筑节能设计的工程，可能会有额外的调整系数，总收费不得高于2元/平方米。

绿色建筑施工图专项审查收费按房屋建筑工程施工图审查收费标准计算所得收费总额的10%~25%另外加收。

建议

明确项目需求和复杂程度：在签订合同时，应明确项目的规模、复杂程度以及特定要求，以便选择合适的收费方式。

对比不同收费标准：可以根据工程所在地的具体规定和市场行情，对比不同收费标准的合理性，选择最符合项目需求的收费方式。

注意优惠政策：一些地区或机构可能会提供优惠政策，如投标报价优惠率等，这些都可以在计算最终费用时予以考虑。

通过以上方式，可以确保施工图预算审核收费的合理性和透明性。