肛瘘的治疗原则为去除病灶、通畅引流，尽可能减少肛管括约肌损伤，保护肛门功能。主要的治疗方法为手术治疗。
手术治疗
肛瘘手术方法多，手术方式应根据病情来选择，手术原则是将瘘管切开或切除，形成开放的创面利于愈合。
复杂性肛瘘的手术需要充分、慎重评估术后肛门功能及肛瘘复发风险，若预期比较差，医生可能会考虑让患者带瘘生活。
保守治疗
如果肛瘘处于发作期，流脓、红肿、疼痛症状明显，不能立即手术，可先采取保守治疗缓解症状。
常见疑问
问：坐浴、中草药贴敷对肛瘘是否有效？
答：坐浴是指坐在浅的盛有温热水的浴盆中进行洗浴，以帮助清洁和恢复肛门周围皮肤。该方法对保持皮肤清洁、缓解局部疼痛有所帮助，但对治疗肛瘘疗效甚微。
用成分不明、处理不当的中草药贴敷肛瘘患处，可能加重感染、刺激皮肤，严重的可能损害肝肾功能。建议切勿自行治疗，务必遵照正规医疗机构的专业医务人员指导治疗。
问：肛瘘不做手术能治好吗？
答：肛瘘如果不做手术，基本上不可能彻底治愈。
非手术治疗有时候确实能够起一部分作用，比如说缓解肛瘘发作的症状，减少肛瘘发作的频次，有时候如果治疗及时，还可以让肛瘘长时间不发作。但这都只是暂时的，肛瘘到最后仍然会反反复复发作，肛瘘经久不愈，会影响人们的生活质量。
所以肛瘘在诊断清楚之后，一般建议积极进行手术治疗。
