高考科目设置方面：1999年教育部开始推行“3+X”科目考试方案，广东省率先开始在高考科目设置和考试内容上进行改革，恢复了生物和地理学科的高考科目，改变了1985年以来推行的“3+2”模式。“3+X”考试中的“3”指“语文、数学、英语”，是考生的必考科目，英语增加听力考试，“X”指学生根据自己的意愿，自主从文科综合、理科综合中选择一个考试科目，满分为750分，到2001年“X”的选择范围扩大到高中所开的全部课程，包括音乐、体育、美术。截至2009年，“3+X”方案已被北京、天津、重庆、福建等25个省市区应用，是中国应用地区最广，最成熟的，最被人们接受的高考模式。除此之外，山东、浙江实行“3+X+1”（语文、数学、英语+理科综合（或文科综合）+基本能力测试）模式，上海市实行“4+基础综合”（ 语文，数学，英语，选修科+“基础综合”模式，江苏实行“3+学业水平测试”（必修4科+选修2科）模式。2010年广东取消“3+X+基础”模式，改为“3+综合”（ 语文、数学、英语+理科综合（或文科综合）+学业水平测试）模式。高考科目设置的改革打破了长期以来全国共同使用高考一张试卷的格局，增加了高考的地方元素和特色，提高了高考命题的安全系数 。
